SCoPE2，進(jìn)階的單細(xì)胞蛋白質(zhì)組方法揭露吞噬細(xì)胞蛋白質(zhì)組異質(zhì)性
得益于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，現(xiàn)在具有不同表型的異質(zhì)群體細(xì)胞類型的組織體已可以清晰識別。誠然，單一細(xì)胞分化經(jīng)常出現(xiàn)自蛋白介導(dǎo)的生理反應(yīng)，對于不同翻譯修飾的理解依然有限。目前主流基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)對于許多樣本存在低采樣率，導(dǎo)致數(shù)字化mRNA計數(shù)器準(zhǔn)確度差，由此可知，蛋白質(zhì)豐度估算也不可靠。
巨噬細(xì)胞是天然免疫細(xì)胞并具有不同功能和分子表型，對一系列疾病都很重要，包括腫瘤。由于上面提到的測序技術(shù)局限性，在單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域卻發(fā)現(xiàn)存在大量未被發(fā)現(xiàn)的機(jī)理。
這里，Specht et al 使用多元LC-ESI-MS/MS（包括采用歐若拉納升色譜柱）進(jìn)行單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)研究，進(jìn)一步優(yōu)化了他們早期的SCoPE-MS方法形成SCoPE2。這大大地提升了定量準(zhǔn)確性和分析通量，通過自動化微型樣本前處理裝置減少手動操作時間，極大地降低了成本。
分析均一單核細(xì)胞分化成為類吞噬細(xì)胞中異質(zhì)性的出現(xiàn)，啟用該方法使得在10天的機(jī)時內(nèi)完成鑒定了1490個不同類型的單細(xì)胞。
此外，數(shù)據(jù)表明甚至當(dāng)分化源自暴露于同一環(huán)境的均一單核細(xì)胞，跨越一個連續(xù)活動周期蛋白質(zhì)組階段時吞噬細(xì)胞蛋白質(zhì)組也發(fā)現(xiàn)了異質(zhì)性，這與此前發(fā)現(xiàn)存在細(xì)胞因子時出現(xiàn)的一種偏振軸有關(guān)。
這些數(shù)據(jù)可以實(shí)現(xiàn)臨床應(yīng)用，比如一定疾病范圍的生物靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)和進(jìn)行基于蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)功能的直接因果機(jī)制推斷。更多的細(xì)胞和蛋白質(zhì)變體的定量分析，在此方向研究時假定設(shè)想將會更少。
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賈羅德·桑道博士評注
